Företagsekonomiska institutionen erbjuder flera masterprogram som alla sträcker sig över två år och innefattar heltidstudier. Ett program ges i samarbete med Statsvetenskapliga institutionen och ett ges vid Institutionen för Data och systemvetenskap i samarbete med Företagsekonomiska institutionen. Därtill är vi även en av sju institutioner som deltar i Masterprogrammet i ledarskap med Institutionen för pedagogik och didaktik som värdinstitution. Antagning sker en gång per år, inför höstterminen. Merparten av undervisningen inom masterprogrammen sker på engelska förutom inom programmet Public Management och programmet inom ledarskap som ges på både svenska och engelska.